Der BN bedauerte das Urteil und will es anfechten. Bayerns Umweltminister Thorsten Glauber (Freie Wähler) sagte, mit dem Urteil sei für rechtliche Klarheit gesorgt. Er betonte: «Der Schutz der Bevölkerung hat oberste Priorität.» Dies gelte beim Betrieb eines Atomkraftwerks ebenso wie bei einem Rückbau.
Der BN hatte gegen die Genehmigung für die Stilllegung und den Abbau der Anlage nahe Landshut geklagt. Er befürwortet zwar einen Rückbau, sieht jedoch viele Fragen der Sicherheit ungeklärt. Der Atommeiler war von 1979 bis 2011 in Betrieb, mit dem Rückbau ist bereits begonnen worden.
Der BN-Vorsitzende Richard Mergner sagte, ein Rückbau bei gleichzeitigem Vorhandensein hochgefährlicher Brennelemente im Nasslager könne nicht hingenommen werden. Die Naturschützer betonen, dass Isar 1 in der Einflugschneise des Münchner Flughafens liege. Sie befürchten «katastrophale Folgen», wenn es während des Rückbaus zum Absturz eines größeren Flugzeuges kommen sollte.
Umweltminister Glauber sagte, die Demontage der bayerischen Kernkraftwerke sei eine der größten umweltpolitischen Aufgaben in den kommenden Jahren. «Die strengen gesetzlichen Grenzwerte sind in jedem Fall einzuhalten.»
Ein Sprecher des Ministeriums ergänzte, nach dem Urteil könnten die Abbauarbeiten nun fortgesetzt werden. Parallel dazu würden im kommenden Jahr die restlichen noch im Lagerbecken befindlichen Brennelemente in Castor-Behälter verpackt und in das Standortzwischenlager transportiert – somit werde das Nasslagerbecken des Atomkraftwerks voraussichtlich Ende 2019 brennelementfrei sein.