Grund der zweijährigen Verspätung ist, dass die Streckenführung im Bereich des Ostbahnhofes noch einmal geändert wurde. Der S-Bahnhof der zweiten Stammstrecke soll in diesem Bereich nicht wie ursprünglich geplant unter dem Orleansplatz gebaut werden, sondern wohl auf der gegenüberliegenden Seite auf dem Gelände des Kunstparks Ost.
In diesem Bereich soll die Entlastungsstrecke mit der geplanten U9 zusammengeschlossen werden. Dadurch solle die Kapazität der Stammstrecke noch einmal um 25 Prozent gesteigert werden, sagte Bayerns Ministerpräsident Markus Söder (CSU) am Dienstag. Die Kosten des Baus sollen jedoch gleichbleiben, wie Söder erklärte. Bisher sind dafür rund 3,2 Milliarden Euro angesetzt.
Die Stammstrecke verläuft weitgehend unterirdisch durch die Münchner Innenstadt. Täglich fahren dort etwa 1000 Züge. Laut Bahn gibt es nirgendwo in Europa mehr Verkehr auf zwei Gleisen. Knapp eine Million Menschen nutzten die S-Bahn pro Werktag. Der Vorstandsvorsitzende der Deutschen Bahn, Richard Lutz, sagte, die Strecke platze «aus allen Nähten».
Die neue Streckenführung soll die alte ergänzen, den Verkehr entlasten und Ausfälle auch bei Störungen verhindern. Sie soll überwiegend in einem neuen Tunnel verlaufen.